Основан Теодором Курентзисом в Новосибирске в 2004 году. В 2011–2019 годы хор был частью труппы Пермского театра оперы и балета. В 2018 году коллектив стал лауреатом международной премии Opera Awards. В репертуаре — работы европейских и русских композиторов XI–XXI веков.

Коллектив сотрудничает с такими приглашенными дирижёрами, как Венсан Дюместр, Андрес Мустонен, Пол Хиллиер и др. Хор выступает на разных площадках мира: от Лиссабона до Москвы, от Афин до Гамбурга. Регулярно принимает участие в фестивалях в Зальцбурге (Австрия) и Экс-ан-Провансе (Франция). Осенью 2019 года musicAeterna впервые выступил в США, где исполнил Реквием Верди в The Shed (Нью-Йорк).

С 2012 года musicAeterna имеет эксклюзивный контракт с лейблом Sony Classical. Релизы включают в себя трилогию Моцарта-да Понте, «Свадебку» Стравинского, видеозапись «Королевы индейцев» Пёрселла в постановке Питера Селларса. Записи отмечены наградами Preis der deutschen Schallplattenkritik, «Лучшая запись года» от Echo Klassik и Opernwelt.