Окончил Московскую консерваторию (класс профессора Л. Гинзбурга). Ещё во время обучения в консерватории начал сотрудничать с Российским государственным симфоническим оркестром кинематографии. С 1993 года стал художественным руководителем и главным дирижёром музыкального коллектива. В течение длительного времени был профессором кафедры оркестрового дирижирования РАМ имени Гнесиных. С 1975 года руководит Жуковским симфоническим оркестром. Заслуженный деятель Российской Федерации (1993), народный артист Российской Федерации (1998). Лауреат премии Правительства Российской Федерации (2010). В 2016 году награждён орденом Почёта.

Сотрудничал с такими выдающимися режиссёрами, как Эльдар Рязанов и Пётр Тодоровский, а также со знаменитыми сценаристами, композиторами, артистами. Выступал с известными солистами: Дмитрием Хворостовским, Михаилом Плетнёвым, Сергеем Судзиловским, Любовью Казарновской, Алексеем Любимовым, Александром Гиндиным, Никитой Борисоглебским и др.

В течение длительного времени Сергей Скрипка и Российский государственный симфонический оркестр кинематографии ведут проект в Московской филармонии — абонемент «Живая музыка экрана». Дирижёр принимал участие в передачах «Призрак оперы» на Первом канале и в «Большой опере» на канале «Культура».